Una vez terminado la primera fase los equipos ganadores pasarán a integrar los diferentes grupos de la segunda parte del torneo, a disputarse desde el 09 de febrero al 20 de abril del 2011.
Para esta fase los grupos quedarán conformados de la siguiente manera:
Segunda Fase (09/02, 16/02, 23/02, 02/03, 09/03, 16/03, 23/03, 30/03, 06/04, 13/04 y 20/04)
Grupo 1
U. San Martín (PER), Libertad (PAR), Once Caldas (COL), San Luis FC (MEX)
Grupo 2
Atlético Junior (COL), León de Huánuco (PER), Oriente Petrolero (BOL), Ganador G6
Grupo 3
Argentinos Jrs. (ARG), Nacional (URU), Fluminense (BRA), América (MEX)
Grupo 4
Caracas FC (VEN), Univ. Católica (CHI), Vélez Sarsfield (ARG), Ganador G4
Grupo 5
Santos FC (BRA), Colo Colo (CHI), Deportivo Táchira (VEN), Ganador G3
Grupo 6
Internacional (BRA), Jorge Wilstermann (BOL), Emelec (ECU), Ganador G2
Grupo 7
Estudiantes de La Plata (ARG), Guaraní (PAR), Cruzeiro (BRA), Ganador G1]
Grupo 8
Liga de Quito (ECU), Peñarol (URU), Godoy Cruz (ARG), Ganador G5
